اما معضلی که سالهاست نظام آموزشی ما را تهدید می کند خرید و فروش پایان نامه دانشگاهی است که تاکنون کاری جدی برای مقابله با آن نشده است؛ خرید پایان نامه به عوامل مختلفی بستگی دارد که یکی از آنها نبود نظارت دقیق از سوی استادان دانشگاه و ناتوانی دانشجویان در کار تحقیقاتی و پژوهشی است. ناتوانی در پژوهش، دانشجویان را به سمت خرید پایان نامه و حتی سرقت علمی سوق می دهد.
گسترش بی ضابطه دوره های آموزش عالی و مدرک گرایی می تواند یکی از عوامل مهم سرقت علمی و خرید و فروش پایان نامه باشد و همچنین بسیاری از دانشجویان اساساً به صورت کاربردی با روح پژوهش آشنا نیستند و باید مهارت پژوهش به آنها به شکلی جدی آموزش داده شود، همچنین نبود تعادل بین استاد و دانشجو باعث کاهش نظارت و سرقت علمی می شود. اگر نظارت دقیقی از سوی استاد راهنما صورت بگیرد خرید پایان نامه نیز از بین می رود.
در بحث برخورد با این معضل علمی واقعیت این است که قانون در این رابطه وجود دارد و مشکل از قانونگذاری نیست، بلکه مشکل بحث نظارت است. تنها زمانی می توانیم از این امر جلوگیری کنیم که تمام عناصر دخیل در مسأله و خصوصاً استاد به عنوان ناظر اصلی، خود را مسئول بدانند.
ما باید به طور جدی به این مسأله نگاه کنیم و مانند پزشکانی که پیشگیری را به درمان ترجیح می دهند، بیشتر به راه های پیشگیری فکر کنیم. در بحث چگونگی جلوگیری از خرید پایان نامه توسط دانشجویان کارهای مختلفی می توان صورت داد، فرهنگ سازی در این زمینه و استفاده مسئولانه از اطلاعات برای مقابله با سرقت علمی یکی از این اقدامات است. همچنین استفاده از خوداظهاری نیز به عنوان روش آماری می تواند مورد توجه قرار گیرد. در این روش، مبنا را اظهار افراد می دانند و برای کنترل آن به روش تصادفی، چند نمونه را مورد بررسی قرار می دهند و در صورت اثبات بروز تخلف، مجازاتی سنگین برای آنها در نظر گرفته می شود.
با سرقت علمی، ما هر روز از نیاز جامعه فاصله می گیریم و سراغ موضوعات تکراری می رویم و این معضل، آسیب بزرگی برای نظام آموزش عالی است، ضمن آن که زمانی که ما برای تهیه پایان نامه جدیت لازم را نداشته باشیم نخستین آسیب این خواهد بود که فارغ التحصیلان دانشگاه دیگر توانایی ساختن آینده کشور را نخواهند داشت. مسلماً با افزایش سرقت علمی در پایان نامه ها، فاصله با تولید علم افزایش خواهد یافت که نتیجه آن هدر دادن سرمایه مملکت برای تولید پژوهش هایی تصنعی است که کاربردی برای صنعت و کشور ندارد.
همان طور که دکتر روحانی، رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی تحت عنوان پایان نامه فروشی یا کپی برداری متون علمی از آن یاد کردند و گفتند که شأن علمی کشور به هیچ وجه نباید زیر علامت سؤال قرار گیرد بجاست که همه دستگاه های مرتبط برای مقابله با این گونه اقدامات فعال شوند.